小智一行人继续在橘子群岛中旅行着。昨天在海上认识了在海上开船旅行的小美，并受到小美的邀请，来到了小美的船上，一起朝下一座岛前进。
突然，天空中开始出现大片的乌云，原本平静的海面开始出现风浪，船也因此剧烈摇晃起来。
小智一行人见状，眼疾手快地收回各自的宝可梦：“大家都回来吧！”皮卡丘也跳到小智的怀抱中，波克基古也从空中飞到小霞的怀里。大家只能抱着栏杆，完全控制不了船，也不知道船会飘往何处。
小智已经知道了是哪个剧情，连忙用波导沟通超梦和越梦做好战斗准备。这时，虽然海上还是一副风不平，浪不静的样子，但也稍微平稳了一点，小美站在船的上方，看着远方说道：“居然来到了这里：亚细亚岛，橘子群岛的尽头。”
小智一听，心情复杂起来：果然还是避无可避吗？那就迎接这次的战斗吧！超梦和越梦，这次就拜托你们啦！
然后大家一起登上了亚细亚岛。登岛下船后，小霞松了口气：“终于得救了！我们的运气真好啊！”这时，小建发现突然出现在小智一行人不远处的一群戴着面具的人问道：“真的得救了吗？”
这时，其中一个女人把面具摘下来，对小美说道：“这不是小美吗？”看样子她们俩早就互相认识。小美也跟那个女人打招呼：“是小悠啊！自校园一别，算起来，应该有五年没见了吧？不过……你打扮成这样干什么呀？”小悠回答道：“祭典啊！从今天开始，岛上会举行祭典。”
小美一听，问道：“你还是跟以前一样，当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美知道小悠以前都是在祭典上充当吹笛子的女巫。不过，小悠已经退隐了，只见她回答说：“不是啦！我已经隐退了，毕竟我不是小孩子了，担任祭典女孩的是我妹妹。”
然后前方出现一个女孩子，只见她戴着墨镜，穿着现代的衣服，和四周的人显得格格不入。女孩的口中不停地抱怨：“什么妹妹嘛？谁是祭典女孩了？有你这样的姐姐真是大为不幸！”姐姐小悠看着自家妹妹的打扮，不满地开口：“你那是什么打扮？祭典的衣服呢？”妹妹则回答道：“我才不要去穿那些老土的衣服呢！而且祭典是从傍晚开始的。”看来姐妹俩意见不合。
小悠也无奈，向大家介绍自己的妹妹：“这是我的妹妹：芙芦拉。”又吐槽道：“真是没办法，这样也能当圣女？时代真的变了。”
小悠这时才看向小智一行人，向小美问道：“他们是……”小美介绍道：“哦！他们是正在旅行的宝可梦训练家。”大家听了小美说是宝可梦训练家，立刻就激动起来，欢呼道：“哦耶～宝可梦训练家啊！哦耶～”这一举动把小霞和小建整得一头雾水，但小智是知道原因的，所以，小智现在一脸严肃。
之后，人群中的一位老大爷走出来，说道：“传说中，随着世界毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒。而指挥者，也就是宝可梦训练家，你就是那个宝可梦训练家。这是惯例！”说完，用手指着小智，示意小智就是那个训练家，也就是指挥者。
这时，芙芦拉也走了过来，打量着小智：“你是宝可梦训练家？”小智也做了个自我介绍：“我叫小智，你好！”芙芦拉听了小智的话后，自言自语地纠结道：“哎呀，不管了，按照惯例，亲一个。”说完，就要亲了过来。
小智看着马上就要亲过来的芙芦拉，立刻就慌起来，赶忙地说道：“喂！喂！喂！等一下哈！”虽然说美女之吻确实不错，但是自己的女朋友——小霞还在自己的身边看着呢！
小霞此时此刻也反应过来了，立马上前一步，挡在小智的面前，对芙芦拉说道：“你好！我叫小霞，是小智的女朋友。我不知道你们的惯例是什么。不过，你不觉得在我面前亲我男朋友不好嘛！”小霞这时的女王范尽显，要捍卫属于自己的一切，这个时候必须强势起来。
芙芦拉听到小霞的话后，不太确定地看向小智。小智也立刻非常肯定地回答道：“是的，我有女朋友了。”毕竟我们的小智是非常专一的，而且非常宠小霞。当然，你要说是妻管严也行。
芙芦拉吃了一波狗粮后，也只好放弃了小心思。小霞也因此松了一口气，并且决定以后一定要将小智看紧了，像小智这样非常优秀的男生的桃花运应该不会少的。
这时，老大爷宣布祭典开始了，小智一行人也跟着加入到了祭典当中。
突然，从远处传来悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一个头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子的女孩。原来是芙芦拉。
芙芦拉跳完舞后，就走到小智一行人的面前，对小智说道：“天地愤怒，世界即将毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神之怒。小智大人，如果那个优秀的指挥者真的是你的话，请让我们看到证据吧！请小智大人到附近的三座岛上拿到三个宝物，然后将其放到岛上的祭坛上。最后，由我向众神吹奏奉献之笛，这样子就结束了。”
小霞在一旁好奇地问道：“宝物在哪里？”芙芦拉回答道：“在各个岛上的神庙里，而且有船到岛上去，到了神庙还有楼梯，非常简单的。”看来历年的祭典都非常简单。可小智却知道这次不同以往了。
小智想将这件事快点处理完，并打算马上就出发。芙芦拉则告诉小智不要急，明天再出发也没事。小智坚持自己的想法，并叫上了小霞，小霞也觉得快点结束好，不然，真要出事就不妙了，小建想要在原地等待，小智和小霞也没有强求。
这时，芙芦拉走了过来，说道：“那我跟你们一起吧！先去火之岛。”说完，示意小智和小霞上船。小智，小霞，芙芦拉三人向着火之岛的方向前进了。
与此同时，真新镇，大木博士研究所内。赤虹和花子听闻橘子群岛的海底洋流发生了变化，立刻就猜到了是被人们称之为海之神，洋流之神的洛奇亚搞出来的动静。花子有些担忧地说道：“赤，小智应该不会有事吧？”赤虹皱了皱眉，对花子说道：“放心吧，我已经让超梦在暗中关注了，适当的时候超梦会出手的。而且，小智这小子现在已经很强了。”花子听到这话，彻底放心了，也不再担忧小智的安危了。而在常青道馆内的坂木听到橘子群岛的消息，嘴角微微上扬：“哈！真是的，又是跟以前一样……”
小智这边，终于到达了火之岛，小智和小霞立刻抱着皮卡丘与波克基古跑向楼梯。小美突然劝说道：“这个天气，还是不要乱动比较好。”毕竟现在这种暴风雨天气，谁知道会发生些什么事呢。小智则回应道：“你们还是在这里等我们吧。”说完，马上就拉着小霞的手跑去。
到神庙的路上还是安全的，并没有出什么事。小霞看到神庙里有颗散发着红色光芒的珠子，拿下来和小智一起看了一下，问道：“这个就是宝物？”小智回答：“应该就是这个。”小霞将珠子递给小智，小智接过珠子就感受到了红色珠子里有一股火焰在燃烧，温暖的感觉在手掌心中。
小智和小霞打算离开这个地方的时候，火箭队三人组出现了：“……（火箭队经典登场台词）”小智立刻问道：“火箭队，你们又想抓皮卡丘？我今天很忙，没时间跟你们耗！”事态紧急，已经没有时间和火箭队三人组玩游戏了。
就在这时，闪电鸟出现了。随着闪电鸟的出现，闪电到处肆虐。小霞并不认识闪电鸟，开口问道：“那只是……”小智只好解释道：“闪电鸟，关都地区的三圣鸟之一，电系加飞行系的传说宝可梦，”
与此同时，闪电鸟停在神庙上，身体向四周发出电流，把原本的火山口改变了形状。小霞突然感觉自己轻飘飘的，有种要浮起来的感觉，问道：“怎么回事？”小智让小霞放心，对她说道：“放心，是电流的作用，电可以产生磁，这四周都被磁化了。地磁也因此受到影响，不用担心。”