乌鸦再吵也要聚集一处，投靠猫头鹰就会送掉性命。
——藏族谚语
马启示、白彦虎和马生彦被多隆阿的清军追逃到甘肃境内以后欣喜地发现，甘肃的回回人在陕西起义军的影响下也纷纷起来响应了。
当地的人告诉马启示，早在1862年10月，朝廷要屠杀回回人的传言遍及甘肃的大部分地方。各地的回回人很快地组织起来，形成了四个反清的起义中心：一是马化龙领导的以金积堡(今天宁夏吴忠的金积镇)为中心的起义军地区；二是马占鳌领导的以河州为中心的起义军地区；三是马文禄领导的以肃州（今天的酒泉）为中心的起义军地区；四是马文义、马桂源和马本源领导的以西宁为中心的起义军地区
马启示把眼光首先投射到离陕西最近的金积堡（即今天宁夏同心县金积镇）。
当时，宁夏归属甘肃。宁夏的回回低级军官马兆元为了反抗官府的剥削和勒索，率先在平远所的豫旺城（即今天宁夏同心县豫旺镇）发动了起义。
他们为了扩大在教民中的社会影响，再三邀请和推举金积堡的哲合忍耶第五代穆勒师德(即传教人)马化龙为起义军的首领。
1863年1月，驻兰州的总督恩麟看到用武力无法消灭起义军，便向朝廷建议专门为甘肃下了一道旨令，重申对回回人的不歧视政策。
但是，朝廷的这道旨令为时已晚。反抗压迫和剥削的烈火已经在陇原大地上熊熊燃烧了。
马启示率领陕西起义军残部加入到甘肃的起义军当中。于是，壮大了甘肃起义军的声势。
陕甘总督杨岳斌和刘松山的老湘军在回回起义军和西捻军的联合打击下一筹莫展，束手无策。除了兰州和少数几个城市以外，甘肃全省几乎都被起义军占领了。
大清王朝在甘肃的统治已经摇摇欲坠了。
1865年7月，马启示发现清军雷正绾的部队和曹克的部队胜利实现了会合，一路向着金积堡杀了过来。他对马化龙斗争的坚定性产生了怀疑。
马启示的怀疑是有原因的。
马化龙从一开始就不想参与起义，现在看到大敌压境心中顿时惊恐万分，三番五次地给清军送去大把的银子和整车的面粉，请求与清军和谈。
清军根本不理睬马化龙，只是猛烈地发动进攻。其中，董福祥率领的军队格外卖力。
董福祥是甘肃环县毛井人，1839年出生。他的父亲是当地哥老会的首领，为人直爽，喜欢打抱不平。董福祥从小受到家风的影响，嗜好练武而不喜读书，青年时代喜欢结交绿林中人，经常和帮会来往。
地方上的绅民对他心存畏惧。
董福祥听闻陕西的回回人和汉人打起仗来，便利用哥老会组织建立地方团练，保卫地方的安宁，势力不断壮大。
官府看到董福祥的影响力不断扩大，便以莫许有的罪名将他逮捕，关押在囚笼中实施酷刑。
监狱的狱卒同情董福祥的遭遇，偷偷地将他释放了。
董福祥重整旗鼓，发动了武装起义，既要对抗起义军，又要抵抗朝廷的官兵，力不从心。他接受了环县县令翁健的归顺邀请，替县令守防县城。
不久，董福祥因为不堪官府的欺压再一次倒戈反清。
马启示接到董福祥主动要求联合的来信，领导陕甘起义军、捻军和董福祥一起在金积堡附近的强家沙窝打死打伤清军2000余人。
雷正绾的部队全军覆没。
面对如此重大的胜利，起义军上下一片欢呼。
马启示观察到大获全胜的马化龙却胆战心惊，坐卧不宁。
1867年，为了配合西捻军在陕西的军事行动，马启示带领陕西起义军从董志塬返回关中。但是，由于清军在西安城守备森严，他只好和西捻军一起东进，转战陕西的蒲城、富平、三原一带。
同时，董福祥的起义军也控制了陕甘的10余个州县。
朝廷看到杨岳斌没有办法消灭起义军，只好另外选派闽江总督左宗棠担任陕甘总督、钦差大臣和督办陕甘军务。
马启示对左宗棠的战功早有耳闻，敏锐地感受到这是一个凶多吉少的消息。
左宗棠，1812年11月10日生于湖南省长沙府湘阴县左家塅，生性颖悟，少负大志，20岁乡试中举，此后会试屡试不第，但是，刻苦攻读儒家经典，涉猎广泛，对后来的带兵打仗和施政理财奠定了良好的基础。
太平天国围攻长沙的时候，左宗棠投入到保卫大清江山的阵营中。他充分发挥自己的聪明才智，迫使太平军撤围北去，从此开始声名鹊起。
后来，他先后入职湖广总督幕府、湖南巡抚幕府，组成楚军赴江西、安徽与太平军作战，又引起了皇帝的注意授为浙江巡抚、闽浙总督。
镇压太平天国后，左宗棠倡议减兵并饷，加给练兵。他在福州的马尾择址建立造船厂，派员出国购买机器、船槽，创办求是堂艺局(即船政学堂)，培养造船技术和海军人才，成为大清第一个新式造船厂。
1866年，左宗棠受命赴任陕甘，制定了“先秦后陇、先捻后回”的作战方针，计划先在陕西的泾河和渭河之间消灭捻军，然后再消灭陕甘的回回起义军。
7月，他率领近2万人的湘军到达陕西，打败并收编了董福祥的汉人起义军。
刘松山非常赏识董福祥的军事才能，委任他为前敌总指挥。
董福祥从此成为清军围剿回回起义军的马前卒，对马启示和白彦虎的起义军步步紧逼，各个击破，使起义军损失惨重。
10月，捻军又和起义军的合作出现了分歧。捻军撤离陕西，东渡黄河进入山西境内。
马启示被迫带领起义军回到了甘肃的董志塬。
在清军的猛烈攻势下，马启示和白彦虎把起义军的十八营合并成为四大营，然后向金积堡撤退，打算和马化龙的起义军汇合，共同对敌。